1、归集管理处:负责住房公积金归集工作的组织和实施；负责住房公积金归集业务相关政策和操作规范的研究制定；负责住房公积金归集业务的培训、政策解答及宣传工作；负责对分中心及受托银行归集业务进行指导、监督与检查；负责住房公积金归集业务的投诉处理、行政执法工作；负责审核单位降低缴存比例和缓缴。

2、贷款管理处：负责住房公积金个人贷款政策的拟定、宣传、指导、解读和实施工作；负责住房公积金个人贷款流程的优化设计，对贷款风险防控和效能提升提出合理化建议；负责住房公积金个人贷款开发项目的审查、准入工作；负责对分中心及承办银行个人贷款的指导与考核。

3、审计保全处:负责按中心领导确定的审计项目对住房公积金运行情况和住房公积金政策、法规、制度执行情况实施内部审计和检查；负责逾期贷款催收；负责组织实施不良资产的管理；负责组织呆坏帐申报核销。

4、信息技术处:负责中心信息化及互联网服务平台建设的长远规划及年度计划的编制、报批和组织实施工作；负责中心信息化及互联网服务平台建设与管理相关规章制度的拟定、组织实施、指导协调与监督检查；负责中心计算机硬件设备的采购、调配、维护及监督管理工作；负责中心应用软件、互联网业务办理渠道及门户网站的开发、优化、维护及升级工作；负责信息系统的运行监控，保证系统数据的安全性、完整性及正确性；负责网上渠道业务流程设计、日常运营管理、风险防控；负责对运营综合服务平台的第三方机构的日常指导与考核；负责网上业务的培训指导及中心职工计算机技能的培训工作。

5、会计核算处:负责职工住房公积金存款账户、个人贷款账户的明细核算，负责公积金信息系统职工公积金个人账户的年度结息及通告、年度决算及结转；负责组织住房公积金事后监督工作及受托银行公积金核算业务的培训及指导工作等，负责受理公积金缴存单位和职工公积金账户的查询及疑难解答等。

6、计划财务处:负责组织住房公积金财务管理，规范公积金中心财务行为。负责编制住房公积金及公积金中心管理费用年度预决算，严格执行住房公积金管委会批准的住房公积金归集使用计划，核算住房公积金增值收益，实现公积金保值增值。严格执行财政部门批准的管理费预算，控制管理费支出，降低住房公积金运作成本等工作。

7、办公室(加挂政策法规处)：负责文秘、宣传、机要保密、档案、会议组织工作；负责综合协调、承办督办、信访等政务工作；负责协调推进全面深化改革工作；负责政策法规制定、文件合同的合法合规性审查、法制建设等工作；负责固定资产、公车管理、综合治理、接待等后勤工作。

8、人事处：负责中心机构岗位设置和编制核定，干部的选拔任用和组织备案、人员招聘、岗位聘任、教育培训、专业技术职务管理、绩效考核、工资与社险核定、奖惩、人事争议调解、人事档案管理、离退休干部的服务管理等工作。

9、机关党委：负责机关和所属分中心的党群、纪检监察工作。